是七月十五日昭宗移驾华州，以府署为行宫，韩建则避居龙兴寺办公。
昭宗明白韩建接自己到华州的目的，索性加封韩建为中书令。
韩建手里有了天子这张好牌，不免有些得意忘形。他让李巨川传檄天下诸藩把粮饷送到华州，用来修复被李茂贞破坏的长安城。
昭宗在华州呆得久了，君臣间的矛盾再次浮出水面，特别是韩建和护驾诸王的矛盾愈演愈烈。作为一个地方实力派出身的权臣，韩建一点也不喜欢护驾诸王和他们掌控的殿后四军。于是他和李巨川合谋，借口西汉七国之乱和西晋八王之乱，说诸王典兵预政不利国家，应该让他们解散军队回家读书。他甚至指使人密告昭宗，说诸王欲谋杀韩建后劫驾去河中。昭宗无奈，只得解散四军，然后勒令诸王归十六宅思过。其甲兵都交给韩建掌管。
韩建上表称李嗣周、李戒丕等诸王谋反，请杀之。昭宗不予回复。韩建便与宦官刘季述矫诏抓捕十一王，将他们及侍者驱赶到石堤谷，无论老少通通杀死。
韩建经营南庄，起楼阁，想邀昭宗游幸时废了他，改立太子李裕。其父韩叔丰对他说：“你只是陈、许间的一介田夫，蒙天子厚恩才有了现在的地位，却想凭两州百里之地行大事，我不忍见灭族之祸，不如先死！”说着就哭起来。韩建只好作罢。
乾宁五年(898年)，朱温占据东都洛阳，局势发生了重大变化。李茂贞、韩建和李克用建立暂时联盟，他们觉得宁可让昭宗回到长安，也不能让他落到朱温手里。于是唐昭宗回到长安，改元“光化”，以资庆祝。
光化三年(公元900年)十一月，昭宗出猎皇家猎场，多饮了几杯酒，醉意甚浓，回到宫中天色已是昏暗。一小太监与二、三宫女在殿头捉迷藏，不提防万岁驾到，小太监和宫女们慌忙趴在地上叩头。昭宗拔下佩剑亲自砍下他们的脑袋，血染袍袖，然后怒冲冲地跑到皇后宫中，责备何皇后约束不严。何皇后立即伏地请罪！
谁知昭宗杀死几个太监、宫女，竟惹起宫中数千太监的公怒。第二天早朝，小太监们相约不开宫门，群臣等候多时宫门不开。大太监刘季述已知内情，随即带领事先准备好的禁兵千人破门而入！那宫中太监一齐围住刘季述，诉说皇帝杀死太监和宫女的情形。刘季述本身也是太监，一听自然大怒，立即把在朝的文武大臣唤进宫去，对着众大臣说道：“主上如此作为，怎么可以治理天下？废昏君，立明主，自古如此。今为国家请立太子，愿大臣们联名上书，劝上禅位！”