都察院官员负责问罪，刑部官员负责记录，大理寺官员负责定刑，整个流程简洁明了。
孙传庭走上衙门会堂，不能坐，只能身着布衣站在中间。
在他走进来后，都察院的官员们便按照这几个月收集的罪证询问孙传庭：
“孙伯雅，汝有三罪”
“其罪一，汝知士绅有罪，何不上报三司，而是独断独行，擅自杀害李贡生等人？”
“其罪二，士绅虽有罪，汝又为何擅自抄家？”
“其罪三，私自调动拱卫营，汝可曾想过后果？”
都察院派来的都是顾党官员，而顾党官员又归周延儒节制，因此周延儒算是给了孙传庭面子，只给他定了三条罪，不然按照他的作为，恐怕不少于二十条。
“孙伯雅，请自辩吧”
周延儒看着堂上孙传庭，做了一个请的手势，而孙传庭也作揖回了一礼，随后才道：
“其一，上报三司来往最少十日，事情拖延恐生变，而吾持尚方剑，下令斩杀李贡生等不法士绅并无不可。”
“其二，士绅有罪，罪可株连三族，既然株连，自然要抄家。”
“至于罪三，调动拱卫营乃是不得已而为之，其因在于成都兵马司、衙役腐败所至，若调动他们，必然有人通风报信。”
孙传庭一一辩解，看得出经过四个多月的休息，他恢复了不少心神，不似往日颓废。
只是面对他的自辩，都察院官员还是需要进一步询问定罪：
“三条虽有理，却法不容情，若是朝廷大臣如汝一般独断独行，那规矩还有什么用？”
“倘若谁都不守规矩，那朝廷岂不翻天？”
说到这里，都察院官员转身对周延儒作揖：
“主审，下官以为，孙传庭虽没有逾越，但并没有按照朝廷的规矩行事，行事僭越这一罪难逃。”
说罢、都察院官员坐回位置上，而周延儒也看向大理寺官员，按照流程问道：
“行事僭越，按照大明律如何定罪？”
“按照吏律，擅为更改变而乱成法，应当定死罪”大理寺官员作揖回应，但他紧接着说道：
“然，孙伯雅在朝为官颇有功绩，而此举又全系百姓，加之近来四川全省百姓求情，应当降罪量刑。”
“我等六人商议，应革去官职散阶，下放为民。”
大理寺的人是